La Maestría en Ciencias Área Biotecnología Vegetal Toxicología, es un programa de posgrado reconocido por su ALTA CALIDAD en el nivel de Consolidación otorgado por el CONACYT en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC).

Es un programa de posgrado comprometido en la formación de recursos humanos altamente capacitados en las Áreas de la Biotecnología Vegetal o Toxicología, colaborando así en el desarrollo de estas áreas del conocimiento en el estado y en el país.

El programa ofrece un tronco común y dos áreas de especialización terminales. Las experiencias educativas que se ofrecen no son exclusivas del aula. Hay un componente importante de trabajo práctico en el laboratorio y de investigación y búsqueda de información de manera individual por parte de los alumnos. No hay seriación de materias, excepto los Seminarios de Investigación que son cursos tutoriales.

La principal experiencia educativa del programa es la planeación y realización de un trabajo de tesis por parte del alumno. También se promueve la realización de estancias de investigación por parte de los alumnos a nivel nacional preferentemente internacional, en laboratorios diferentes al que está adscrito su trabajo de tesis. Esto tanto dentro como fuera de la Institución o incluso fuera del estado o país. Se han dado también casos de alumnos que realizaron o realizan por completo su trabajo de tesis fuera de la U.A.A. Ejemplos de esto son tesis realizadas en el CINVESTAV-IPN Campus Guanajuato y en Instituciones de los Estados Unidos de América o de Canadá.

Las líneas de investigación que ofrece la maestría son las siguientes:
1) Biotecnología Vegetal y Bioquímica Vegeta y Animal
2) Evaluación de los Efectos Adversos Producidos por Xenobióticos en los Sistemas Biológicos. Evaluación del Riego e Impacto Ambiental
3) Proteínas en la Respuesta Inmune, en la Plasticidad y Secreción Neural
4) Toxicología y Bioingeniería Ambiental